故事發(fā)生在美麗的志摩市。因交通意外失去母親的小男孩相澤透,一天在好奇心的驅(qū)使下,在海島上找到一塊閃爍著紅光的石頭,上面還有一枚蛋。剛握在手里,從蛋里竟孵出一只小烏龜來,為了紀(jì)念母親生前對(duì)他的昵稱,小透給小烏龜起名為“透透”,并瞞著父親孝介把透透養(yǎng)在家里?! ∑匠T诩依锊粣壅f話的小透,由此一天天的開朗起來,這讓孝介感到驚訝而欣慰。然而,事情并沒有這么簡單,這并不是普通的小烏龜,它不但生長速度驚人,而且還懂得制造氣流在空中飛行,青梅竹馬的鄰家女孩西尾麻衣了解到這一切,她告訴小透,透透有可能是33年前以自爆方式拯救了志摩市的怪獸加美拉。后來,透透長大到實(shí)在沒法遮掩,小透便把它搬進(jìn)了海邊一個(gè)秘密小屋。 麻衣原來一直有心臟毛病,翌日她將要到名古屋的大醫(yī)院動(dòng)手術(shù)。得知此事,小透決定要送給麻衣當(dāng)?shù)亓鱾髂軒砗眠\(yùn)的緋紅色守護(hù)石,而這塊守護(hù)石,正是透透出生時(shí)那塊發(fā)出紅光的石頭窩,麻衣為此向“兩個(gè)小透”都表示感激?! ∫惶?,小屋里的透透突然不見蹤影,小透正要四出尋找,一頭兇惡的蜥蜴怪獸積達(dá)士出現(xiàn),不僅在市鎮(zhèn)上大肆破壞,還掠食人類。孝介趕到現(xiàn)場(chǎng),打算帶兒子和他的小伙伴脫離險(xiǎn)境,卻不知積達(dá)士已經(jīng)在背后張開了血盆大口。千鈞一發(fā)之際,一個(gè)龐大身影閃過將積達(dá)士撞開,果然,透透就是年幼的加美拉?! ≈挥谐赡牦w型四分之一的透透,經(jīng)過苦戰(zhàn)一場(chǎng),終于把積達(dá)士打入大海,而自己也耗盡了力氣,被政府內(nèi)閣官員帶同巨型生物審議委員會(huì)抓走,小透卻只能眼睜睜的看著透透被軍方押送離開。不過,壞消息隨后帶來了一個(gè)好消息:麻衣的母親來電告訴小透,女兒的手術(shù)順利完成,奇怪的是,麻衣在夢(mèng)中卻一直念叨著要把守護(hù)石還給透透。 學(xué)者雨宮本想對(duì)加美拉進(jìn)行催長手術(shù),好讓它盡快長大足以抵抗恐怖怪獸的襲擊,沒想試驗(yàn)還在進(jìn)行的時(shí)候,積達(dá)士再次在名古屋登陸,直接給研究所殺了個(gè)措手不及,成長不完全的透透,也只好再度迎戰(zhàn)。而此時(shí)的小透,正在趕往名古屋的路上,他明白到守護(hù)石必須回到透透身上,才能讓透透發(fā)揮出最大的力量?! 】墒切⊥竿讲綄?shí)在太慢了,麻衣也心急如焚要親自送守護(hù)石回去,卻被父母和醫(yī)生勸阻,透透面對(duì)積達(dá)士完全沒有還手之力,這下子可危險(xiǎn)了……!